2002（平成14）年4月、土木・建築両事業本部を損益部門（事業部）とスタッフ部門（土木・建築両本部）とに区分し、東京土木、海外土木、東京建築、海外建築の4事業部を設置した。合わせて、東京本社不動産開発事業各部を東京不動産開発事業部に再編するとともに、不動産開発事業管理部を不動産開発管理部、本店不動産開発事業部を不動産開発部に名称変更した。同時に、東京建築事業部に、都市再生プロジェクトへの営業体制強化と価格交渉力の強化のため、プロジェクト営業部と見積営業部（2003年6月コストマネジメント部に改称、2012年1月に調達部門の再編により廃部）をそれぞれ新設、2006年5月には、社内各部門に分散していた提案書作成機能を集約するため、プロポーザル部を設置した。

2005年6月、エンジニアリング本部を廃止し、建築本部に新たに設置した生産施設エンジニアリング部、エンジニアリング技術部に業務を移管、8月には建築本部にエンジニアリング企画部を新設した。建築本部のもとで緊密な連携を図るとともに、経営資源を集中して競争力を強化することを目的としたものである。（2006年8月、エンジニアリング本部を建築本部の下に再設置、企画部、生産施設エンジニアリング部、エンジニアリング技術部、医療福祉推進部の4部体制とした。）