従来、当社では能力中心の人事考課が行われていたが、社会・産業構造の急激な変化に対処していくうえで、従業員のインセンティブをより高め、能力を発揮させる仕組みが必要になっていた。2001（平成13）年7月に人事考課制度が改正され、実績重視の評価制度とした。2002年度からは年功的要素の加給を廃して実績給、実績賞与を新設、実績に基づいて給与・賞与を支給することとした。

2002年2月には、人事制度改革プロジェクト・チームが設置され、組織も含めた抜本改正への取り組みが始まった。その結果、2003年7月、①職員の全国型と拠点型の区分新設と職掌制度（総合・専門・一般職）の廃止、②現業職員の職員への統合、③現業雇員制度の廃止と期間職員制度の新設、④グループ制の導入と課制の廃止、⑤新賃金体系の導入（本給の廃止ほか）を行い、同年12月には全国型・拠点型の転換公募も開始された。引き続いて2005年4月には技能職員の職員への統合を実施した。2004年度には退職金制度も、勤続年数・職級・実績に対し年度ごとにポイントを付与し、退職時の累積ポイントで計算する方式となり、実績重視の新たな人事体系が固まった。

並行して、2002年9月、業務表彰制度を改正して優秀プロジェクト表彰（社長表彰）を設けた。これは、従来の優良工事事務所表彰、優良設計、技術の研究開発、営業、エンジニアリングなどの分野ごとの表彰を改め、プロジェクトに関わる関連部門が一体となって品質の良い工事を行って顧客の信頼に応えるとともに利益の面でも貢献のあったプロジェクトを表彰するものであった。「社内ベンチャー・チーム設置規程」（2001年4月）や「社内公募制度規程」（2003年7月）も定められ、新事業・業務への自発的挑戦を後押しする制度も設けられた。

2002年4月には人事部そのものも見直され、人事サービスセンターを設置して、運用業務を集中処理することで効率化を図った。（2005年4月には同センターを廃止し、業務をグループ会社のオークビルサービス（現　大林ファシリティーズ）に一括委託した。）