1890（明治23）年4月9日に琵琶湖畔の大津閘門で、明治天皇と皇后の臨席のもと疏水完工通水式が挙行され、田邊が通水を指揮した。しかし工事は順風満帆ではなく、事故が発生したときには議会が田邊の罷免を要求し、北垣が一蹴したこともある。それでも病没なども合計して17名が殉職している。田邊は責任を痛感し「一身殉事萬戸霑恩（殉職した人々の恩恵を多数の人々が享受している）」という慰霊の石碑を自費で建立している。

工事そのものへの批判もあり、最初に計画を政府に説明したときも反対があった。福澤諭吉は疏水工事を風景や寺社などを破壊する軽挙と批判している。また工事資金不足の一部を京都市民から徴収したため、北垣は「今度来た（北）餓鬼（垣）は極道（国道）」と非難の貼り紙をされたりもしている。しかし、この工事の価値はイギリス土木学会から最高の栄誉とされるテルフォード・メダルを授与されたことが証明している。

この完成とともに田邊は帝国大学工科大学教授に就任、榎本武揚夫妻の媒酌で北垣の長女しずと結婚する。1896（明治29）年には北海道庁長官となった北垣から勧誘され、大学を辞任して北海道庁鉄道部長として道内の鉄道建設に尽力する。1900（明治33）年には京都帝国大学教授、16（大正5）年には京都帝国大学工科大学学長に就任、2年後に58歳で退官する。以後も各地の鉄道建設計画の指導をするなど活躍し、1944（昭和19）年に84歳で逝去した。

これら俊英を教育した工部大学校の校長ダイアーは日本の若者が異常な情熱で勉強する様子に感動し、帰国してから原因を究明するが、その回答を新渡戸稲造の『武士道』に発見し、1904（明治37）年に出版した『大日本～東洋の英国』に引用している。「日本変貌の指導的原動力は物質資源の開発や国富の増加ではなく、ましてや西洋の習慣の模倣でもない。劣等国として見下されることを許容できない名誉の感覚である」

幼少の時期からの教育とは関係のない学問をわずか6年だけ英語で勉強し、先進諸国と対等か、分野によっては先行する国々を凌駕する業績を達成した明治の若者の意気の根底に存在した精神は名誉であったと理解すると、様々な分野で現在の日本が低迷している原因が見透せる。田邊の業績が素晴らしいことは間違いないが、それを感心するのではなく、その背後にあった気概を感得することこそが現在必要とされていることである。