明治の新時代を象徴する社会インフラ整備として着工されたのが鉄道事業で、はやくも1872（明治5）年新橋～横浜間、74年には神戸～大阪間が開通した。技術指導をしたのは、イギリス人を中心としたお雇い外国人技師であった。だが鉄道建設には膨大な資金が必要である。このため政府は、当初はあまり費用もかけずに整備され、かつ大量輸送に向く舟運を活用しようとし、国直轄により河川舟運を考慮した修築事業が行われた。

この事業はオランダ人技師により指導され、低水路（通常時に水が流れている水路）の整備、つまり河身（かしん）改修と、山地からの土砂の流出を防ぐ砂防工事よりなる。1874（明治7）年に淀川、翌75年に利根川、つづいて76年には信濃川で始まり、84年の天竜川まで14河川で着工された。これらは全額国費で行われ、後年「低水工事」と称されたものである。

だが注目すべきことは、これら低水工事は舟運整備のみを目的としたものではなく、治水工事としても位置付けられていたことである。1884（明治17）年、内務卿山縣有朋から太政大臣三条実美宛に提出された「治水ノ義ニ付上申」では、河身改修、土砂防止がまず初めに行われる工事であって、これが終了すれば堤防修理も容易であると主張された。すなわち、河身改修、土砂流出防止、築堤を一体的なものとしてとらえ、低水路を整備し洪水がスムーズに流れるようになったのち、堤防を整備するとの方針であったのである。

一方、鉄道をみると、神戸～大阪間の開通直後は、大阪～京都間の工事が細々と続けられていたにすぎなかった。この後、京都～大津間が1880（明治13）年、敦賀～大垣間が84年に竣工し、西日本では、大津～長浜間は琵琶湖舟運にたよったものの、大阪・敦賀・四日市（大垣から揖斐川（いびがわ）舟運）の重要拠点が連絡した。

1882（明治15）年当時の鉄道官僚の考え方は、鉄道をまず敷設する地域として物産が豊富にあるにもかかわらず水運の便がないところ、水運の便はあるが物資が多量にあり水運では十分に運搬ができないところ、または海上輸送が可能であるが、はるか遠回りをしなくてはならないところを対象としている。水運の便とは、内陸部では河川舟運である。地域の輸送にとって当時、河川舟運が大きな役割を果たしていたのである。

西南戦争後の1878（明治11）年、内務卿大久保利通が「一般殖産及華士族授産ノ儀ニ付伺」を提出し、東北地方の運輸体系の整備を目的とした大プロジェクトを提案したが、これも舟運を中心にした内容であり、起業公債事業として78年度から87年度にかけて進められた。

だが、明治10年代後半になると鉄道事業は進捗していった。東海道線が着工され、新橋～神戸間が1889（明治22）年に開通した。また東日本では東京～高崎間が、81年に設立された民間会社である日本鉄道会社によって進められた。ただこの工事・保線また汽車運転・管理はすべて政府鉄道局に委託され、上野～前橋間が84年8月全線開通となった。つづいて翌85年3月、赤羽～品川間が開通し、新橋～横浜間の鉄道とつながった。また東北地方には、大宮～宇都宮間が同年7月に開通したのを手始めに、87年末までに仙台を経て塩釜まで開通した。さらに青森まで達したのが91年9月であった。

鉄道事業を先頭に立って指導したのは、幕末にイギリスに留学した井上勝であった。1877（明治10）年には技術者養成機関として工技生養成所が設立され、中堅技術者の養成に努めた。

河川事業は、1886（明治19）年頃から新たな展開をみた。利根川・信濃川・木曽川・筑後川等で、新たな計画の下に河川事業が着工されたのである。この背景には、85年の全国的な大水害があった。この事業は、低水工事を国が行い、築堤工事を府県の負担で行うものであった。たとえば木曽川では、86年に改修計画が策定され、木曽川・揖斐川・長良川の三川分離をともなう大規模な改修事業に着工した。河身改修・砂防は国直轄により、築堤は愛知県・三重県・岐阜県により進められたのである。

また、全国各地で河川・運河による舟運事業が構想され、1884（明治17）年に宮城県下の貞山堀（ていざんぼり）運河が、つづいて90年には利根川と江戸川を結ぶ利根運河、京都と大津を結ぶ琵琶湖疏水が竣工した。

1892（明治25）年、鉄道敷設法が成立した。その内容として、ほぼ全国を張りめぐらす33の建設予定地が定められ、このうち緊急を要する9路線が第1期予定線とされ、12カ年で建設されることとなった。ここに、内陸輸送は鉄道で進めていく方針が定められたのである。この制定以降、新たな内陸舟運開発は基本的に行われなくなった。この方針を確立してから河川行政は大きな転換をみ、新たな調査が開始された。

1890（明治23）年帝国議会が開設されると、国庫による堤防修築など、治水を求める請願が全国から行われた。議員からは治水（洪水防御）工事の促進を求める建議がたびたび行われ、政府直轄による治水の要望がさかんに展開された。とくに淀川改修が地元により熱心に推進され、議会内への強い働きかけもあった。淀川では、74年から始まった修築事業が88年度には竣工し、新たな改修事業が求められていたのである。

この結果、1896（明治29）年度から政府直轄による治水事業が淀川・筑後川で着工されることとなった。河川事業は新しい段階に入ったのである。それとともに河川管理、費用負担などを規定した制度として96年3月、66条からなる河川法が成立した。