日本館のテーマは「Where ideas meet（アイディアの出会い）」。館内は、日本のさまざまなコンテンツを最新のテクノロジーで魅せる展示空間になっており、「日本との出会い」「現代日本のテクノロジー」などの6つのゾーンで構成されています。

建物はアラベスクと麻の葉文様のパターンを組み合わせたもので、中東と日本の長い歴史のつながりと文化の交差を表現しています。また、持続可能性に重点を置いて、バードギール（中東の伝統的な建築に見られる風を採り入れるための塔）と打ち水といった中東と日本の伝統的な技術に触発された環境に優しい冷却システムを用いています。

会期中には、万博主催者が各参加国の参加をたたえる「ナショナルデー」が開催されます。日本のナショナルデーとなる「ジャパンデー」は12月11日。当日は会場全体で日本の魅力を伝えます。

リアル会場と同時に開設されたオンラインサイトは、2025年日本国際博覧会（大阪・関西万博）との共同プロジェクトとして実施されており、サイト上で投稿されたメッセージは大阪・関西万博につなげていきます。